O protocolo foi validado para
três diferentes plataformas de sequenciamento genético: Nanopore (MinION ou
GridION), Ilumina e Sanger. Tendo em vista a relevância para a comunidade
científica, os dados foram publicados em um artigo no site de pré-print BioRxiv. O protocolo foi
compartilhado ainda na página protocols.io. O trabalho, liderado pelo
Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do IOC/Fiocruz, contou com a
colaboração do Laboratório de Flavivírus do IOC/Fiocruz, da Coordenação Geral
de Laboratórios do Ministério da Saúde, no Brasil, e do Great Ormond Street
Hospital, no Reino Unido.
Responsável pelo
desenvolvimento do protocolo, a pesquisadora Paola Cristina Resende, do
Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, ressalta a importância da
qualidade do sequenciamento genético para as pesquisas sobre o patógeno. “Como
esse vírus circula há pouco tempo em humanos, ele acumulou um número pequeno de
mutações e os genomas são muito parecidos em todo o mundo. Entre cerca de 30
mil bases que compõem o RNA [material genético] do novo coronavírus, observamos
que poucas bases diferenciam uma cepa da outra. Isso ainda é muito pouco e não
permite apontar alterações do fenótipo do vírus. No entanto, possibilita
reconhecer e definir grupos genéticos virais que estão circulando ao redor do
mundo”, comenta.
O pesquisador Fernando Motta,
que atuou na validação do protocolo na plataforma Illumina no Laboratório de
Vírus Respiratórios e do Sarampo, designado como Centro de Referência em Covid-19 nas Américas
para a Organização Mundial da Saúde (OMS), enfatiza os benefícios
do novo método para busca de respostas mais rápidas à pandemia. “O protocolo
demonstrou-se simples, eficiente e consistente, podendo ser aplicado em
laboratórios nacionais e internacionais que dispõem de quaisquer dos
equipamentos”, diz o virologista.
Genomas brasileiros
Com o novo protocolo, os
especialistas já decodificaram 54 genomas completos do novo coronavírus
referentes a amostras de pacientes de seis estados do Brasil. O trabalho amplia
o conhecimento sobre os microrganismos causadores da Covid-19 no país, expandindo
significativamente o número de sequências genéticas disponíveis para Rio de
Janeiro e Distrito Federal e incluindo, pela primeira vez, dados de Alagoas,
Bahia, Espírito Santo e Santa Catarina na plataforma GISAID, que promove o compartilhamento de
informações genômicas sobre os vírus Influenza, Sincicial Respiratório e o
Sars-CoV-2.
De acordo com Paola, que
atuou no treinamento da equipe de técnicos da Plataforma de Genômica da
University College London para realização do novo protocolo e é uma das
curadoras da plataforma GISAID, a análise dos genomas brasileiros
recém-sequenciados indica que ocorreram diferentes introduções do vírus no
Brasil por viajantes que retornavam ao país. “A filogeografia aponta claramente
para múltiplas introduções. Considerando as amostras recém-sequenciadas,
observamos que são semelhantes a genomas do vírus descritos na Europa, América
do Norte e Oceania, o que aponta possíveis rotas de entrada”, afirma a
especialista.
Para a chefe do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Marilda Siqueira, é fundamental acompanhar a evolução viral ao longo do tempo. “Além de traçar as rotas de dispersão no mundo e no interior do país, a vigilância genômica integrada à vigilância epidemiológica é necessária para monitorar a ocorrência de variações genéticas que podem estar associadas à gravidade da doença ou à resistência a medicamentos”, pontua a virologista.
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