Variante mais comum de 'mutante duplo' agora: dados do genoma da Índia

A análise mostra pela primeira vez como a detecção de várias variantes do coronavírus pode ter mudado.

Por Binayak Dasgupta , Anonna Dutt

O vírus de dupla mutação - agora classificado como B.1.617 - foi o mais comum nas amostras sequenciadas nos 60 dias anteriores a 2 de abril em 24%. (Foto ANI)

O chamado coronavírus de dupla mutação encontrado em Maharashtra pode estar se tornando o mais prevalente entre todas as variantes mutantes na Índia, indicam dados de sequenciamento do genoma enviados por cientistas indianos a um banco de dados global, de acordo com uma análise recente que leva em consideração quando foram detectados.

A análise mostra pela primeira vez como a detecção de várias variantes do coronavírus pode ter mudado.

O vírus de dupla mutação - agora classificado como B.1.617 - foi o mais comum nas amostras sequenciadas nos 60 dias anteriores a 2 de abril em 24%. A variante foi detectada pela primeira vez em 5 de outubro e era relativamente obscura até começar a aparecer com um número crescente de amostras de janeiro em diante, mostrou o relatório de situação da Índia sobre o surto.info. Em 1º de abril, representava 80% de todas as sequências do genoma analisadas de variantes mutantes enviadas pela Índia para o repositório global GISAID.

A segunda variante mais comumente encontrada nos últimos 60 dias foi a variante do Reino Unido, ou B.1.1.7, em 13% das amostras, de acordo com a avaliação de cientistas da Scripps Research.

Ambas as tendências podem ser preocupantes para a Índia e, pelo menos até certo ponto, explicam o padrão de surto. B.1.617 foi encontrado pela primeira vez em um grande número de amostras em Maharashtra, a primeira região de ponto quente da segunda onda de infecções que, até 7 de abril, acrescentava mais da metade dos novos casos registrados no país.

Os pesquisadores do outbreak.info acrescentaram que esses dados podem não refletir os verdadeiros padrões de prevalência. “O sequenciamento do SARS-CoV-2 (hCoV-19) não é uma amostra aleatória de mutações. Como resultado, este relatório não indica a verdadeira prevalência das mutações, mas sim a nossa melhor estimativa agora. ”

Os dados também podem ser distorcidos dependendo se todos os genomas sequenciados foram carregados, embora as tendências - onde B.1.617 tem crescido constantemente em comparação com outras variantes entre as amostras - apoiem o padrão geral.

Mas um alto funcionário envolvido nos esforços de sequenciamento do genoma do coronavírus da Índia disse que as descobertas eram consistentes com o que foi observado por eles no solo.

“Quase 60 a 80% das amostras de Maharashtra têm a variante; a prevalência deve ser semelhante em Gujarat. Em outros lugares, é inferior a 10 a 20%. De quase inexistente em dezembro, agora é encontrado praticamente em todos os lugares que olhamos. Temos uma coluna separada para a variante para cada estado agora ”, disse Anurag Agarwal, diretor do Instituto de Genômica e Biologia Integrativa, um dos dez laboratórios da Insacog.

“Temos uma boa ideia sobre qual variante mutante prevalece e onde; mas o importante é que todos estão aumentando ”, acrescentou.

“A variante B.1.617 é predominante no oeste em Maharashtra e Gujarat. A variante B.1.1.7 é predominante no norte de Punjab. No sul da Índia, aquele com a mutação N440K é prevalente, mas parece ser silencioso. Eventualmente, uma das outras variantes chegará lá. E, no Oriente, não temos uma variante em particular, mas a variante da África do Sul é bastante comum em Bangladesh, causando quase 80% dos casos, de forma que pode passar para a Índia. Isso será problemático para a vacina AstraZeneca. ”

A dupla mutação refere-se a alterações específicas, entre outras, que são denotadas por E484Q (o glutamato é substituído por glutamina no ponto 484 da proteína do pico) e L452R (substituição de leucina por arginina na posição 452).

Ambos estão sendo investigados por dar ao vírus a capacidade de escapar da imunidade de uma infecção anterior, até mesmo vacinas. O L452R também foi encontrado em uma variante que se espalhou na Califórnia, EUA, onde foi implicado em um grande surto no início deste ano. Em uma entrevista ao HT na quarta-feira, o principal conselheiro científico da Índia, K VijayRaghavan, disse que B.1.617 agora pode ser considerado uma “variante de preocupação”, ou VOC.

A variante do Reino Unido, B.1.1.7, foi confirmada como sendo mais transmissível e foi igualmente implicada em um grande ressurgimento de casos em todo o Reino Unido.

Um segundo cientista envolvido nos esforços de sequenciamento disse que mais evidências são necessárias para vincular as mutações às tendências dos casos. “A variante dupla mutante está crescendo no país. Mas o aumento de casos não pode ser atribuído apenas às variantes mutadas. O comportamento humano desempenha um papel muito importante na transmissão; no Reino Unido, quando a nova variante começou a se espalhar, um bloqueio controlou a disseminação ”, disse o Dr. Rakesh Mishra, diretor do Centro de Biologia Celular e Molecular (CCMB), um dos 10 laboratórios em Insacog.

A Dra. Saumitra Das, diretora do Instituto Nacional de Genômica Biomédica - Kalyani, disse: “Não fomos capazes de estabelecer que a nova variante é a razão por trás da disseminação mais rápida da infecção durante a segunda onda; é o comportamento das pessoas ”.

A análise, publicada em outbreak.info, também mostrou que um grande número de amostras B.1.617 foram detectadas em West Bengal. As 117 amostras B.1.617 em Bengala representaram 9% de todos os genomas sequenciados no estado até agora. Em Maharashtra, em 120, havia mais amostras, mas essas representaram 6% das 1.931 amostras sequenciadas.

“Para descrever a prevalência de conjuntos de mutações em nossos Relatórios de situação de mutação, contamos com sequências de vírus compartilhadas da Iniciativa GISAID. Embora apliquemos filtros para remover algumas sequências de baixa qualidade e metadados irracionais, conforme descrito em nossos métodos, contamos com a precisão das sequências e metadados de amostra depositados no GISAID ”, disse o site outbreak.info.

Ao todo, a variante B.1.617 foi encontrada em 408 sequências amostradas em todo o mundo. Destes, 265 foram encontrados na Índia entre as 8.455 sequências analisadas no relatório outbreak.info.

Fonte:https://www.hindustantimes.com

Republicado por:RM Consult